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PYMOL SCARICARE

Posted on Author Sarr Posted in Rete


    download pymol windows, pymol windows, pymol windows download gratis. PyMOL. rc6 per. Windows. DeLano Scientific LLC. 1. Scarica l'ultima versione di PyMOL per Windows. Vsualizzare modelli molecolari per progetti scientifici. PyMol è uno strumento complesso progettato per i. getfiche.com, dal quale è possibile scaricare i pacchetti di installazione per i sistemi operativi. Linux, MAC OS X e Windows. Una volta installato, è possibile. pdb, anche se con PyMol è possibile leggere moltissimi altri formati) sia già presente nel nostro computer (scaricato, ad esempio, da Protein Data Bank) e non.

    Nome: pymol
    Formato:Fichier D’archive
    Sistemi operativi: Android. Windows XP/7/10. iOS. MacOS.
    Licenza:Solo per uso personale (acquista più tardi!)
    Dimensione del file: 42.17 MB

    PyMol un programma di grafica e modellistica molecolare open source ed estendibile attraverso limplementazione di script in linguaggio Python appendice A. Grazie alle numerosissime funzioni di cui dispone, alla facilit di utilizzo, allottima resa grafica e alla capacit di generare immagini e filmati di alta qualit, PyMol si affermato come standard nellambito della grafica e modellistica molecolare.

    Una volta installato, possibile avviare PyMol cliccando due volte sullicona relativa. Allavvio, compariranno due finestre: La prima finestra, chiamata PyMol External GUI GUI lacronimo di Graphical User Interface , contiene nella parte superiore un men attraverso il quale possibile accedere a finestre di comandi, nella parte centrale un resoconto log dei comandi eseguiti, nella parte inferiore unarea per linserimento di comandi testuali Command Input Area; questultima opzione, che consente un utilizzo avanzato del programma, non verr considerata nella presente esercitazione introduttiva; per maggiori informazioni su questo argomento si rimanda alla documentazione ufficiale del programma e sulla destra una pulsantiera con alcuni comandi comunemente utilizzati.

    Pymol come Viewer PyMol principalmente un programma per la visualizzazione molecolare, nonostante con esso sia possibile effettuare e soprattutto con gli script in Python con cui pu essere esteso anche diverse analisi strutturali e funzionali sulle molecole indagate. In questa esercitazione, che non ha la pretesa di esplorare in maniera esaustiva tutte le funzioni del programma, illustreremo solo alcune operazioni comunemente effettuate.

    Allavvio, compariranno due finestre: La prima finestra, chiamata PyMol External GUI GUI lacronimo di Graphical User Interface , contiene nella parte superiore un men attraverso il quale possibile accedere a finestre di comandi, nella parte centrale un resoconto log dei comandi eseguiti, nella parte inferiore unarea per linserimento di comandi testuali Command Input Area; questultima opzione, che consente un utilizzo avanzato del programma, non verr considerata nella presente esercitazione introduttiva; per maggiori informazioni su questo argomento si rimanda alla documentazione ufficiale del programma e sulla destra una pulsantiera con alcuni comandi comunemente utilizzati.

    Pymol come Viewer PyMol principalmente un programma per la visualizzazione molecolare, nonostante con esso sia possibile effettuare e soprattutto con gli script in Python con cui pu essere esteso anche diverse analisi strutturali e funzionali sulle molecole indagate. In questa esercitazione, che non ha la pretesa di esplorare in maniera esaustiva tutte le funzioni del programma, illustreremo solo alcune operazioni comunemente effettuate.

    Form di ricerca

    In Pymol possibile caricare una molecola, nellesempio che segue una proteina, in diversi modi. Uno di questi prevede che il file contenente le coordinate della proteina solitamente, un file di tipo. Il secondo approccio, pi veloce e comodo se si dispone di una connessione attiva e si conosce gi il codice PDB associato alla macromolecola di interesse, prevede lutilizzo di un plugin un programma secondario che amplia le funzioni di quello primario preinstallato in PyMol, chiamato PDB Loader Service accessibile dalla voce Plugin dallExternal GUI.

    Una volta selezionato, comparir la seguente finestra: Come esempio digitate al suo interno il codice 1BJ4 struttura cristallografica del monomero della serina idrossimetiltrasferasi umana in complesso con il cofattore PLP e premete Invio.

    Dopo alcuni secondi, in base alla velocit della connessione, la struttura apparir sul Viewer: 2 Notate che, insieme alla struttura, nel pannello superiore dellInternal GUI comparsa una nuova linea, chiamata 1BJ4 la riga superiore, all, sempre presente, indica tutti gli oggetti visualizzati. Prima di esplorare il significato di questa linea, prendiamo confidenza con i movimenti del mouse per utilizzare al meglio PyMol altamente consigliato lutilizzo di un mouse a tre tasti; in questa esercitazione introduttiva saranno analizzati solo i comandi principali del mouse.

    Poniamo il cursore nella finestra del Viewer e: mantenendo premuto il tasto sinistro, ruotiamo la molecola; mantenendo premuto il tasto centrale, trasliamo la molecola; mantenendo premuto il tasto destro, applichiamo lo zoom sulla molecola; se il mouse possiede una rotella, ruotandola possiamo nascondere sezioni della molecola attraverso lutilizzo di clipping plane, piani immaginari di fronte e dietro la molecola.

    Se clicchiamo con il tasto sinistro su un atomo qualsiasi della nostra molecola, il residuo corrispondente sar selezionato e nel pannello superiore dellInternal GUI comparir una nuova voce, sele: Notate che la selezione del residuo avviene perch il mouse impostato in Selecting Residues voce in basso a destra.

    Cliccando ripetutamente su questo campo sulla scritta Residues potete ridefinire la selezione come Molecules, Chains, Atoms, Segments e cos via. Se invece clicchiamo con il tasto centrale su un residuo, centreremo la visuale su di esso. Infine, cliccando con il tasto destro su un atomo non selezionato comparir un men a tendina con lelenco di una serie di azioni queste sono le stesse che si trovano nel pannello dellInternal GUI e saranno discusse pi avanti : Ritorniamo ora alla descrizione delle righe che appaiono all, 1BJ4, sele e cos via nel pannello superiore dellInternal GUI.

    Queste linee descrivono gli oggetti presenti e le azioni effettuabili su di essi.

    Per esempio, se vogliamo far scomparire momentaneamente dal viewer la molecola 1BJ4, sufficiente cliccare con il tasto sinistro del mouse sul suo nome nel pannello superiore dellInternal GUI.

    Per far riapparire 1BJ4, sufficiente cliccare nuovamente sul nome. Accanto a ogni oggetto dellInternal GUI presente una fila di pulsanti, i quali permettono di: accedere alle azioni che sono eseguite sulloggetto tasto A, actions ; modificare la rappresentazione delloggetto tasto S, show ; nascondere le rappresentazioni delloggetto tasto H, hide ; applicare delle etichette alloggetto tasto L, label ; colorare loggetto tasto C, color; si noti che i colori di base delle proteine sono verde per il carbonio, rosso per lossigeno, azzurro per lazoto, giallo per lo zolfo, bianco per gli atomi di idrogeno e arancione per il fosforo.

    7. Introduzione a PyMol

    Per tornare alla finestra iniziale e cancellare le molecole presenti sullo schermo, selezioniamo il comando Reinitialize accessibile dal menù File. Nei prossimi paragrafi saranno descritte alcune funzioni di PyMol comunemente utilizzate nella modellistica molecolare.

    Quest ultima sarà modificata, e il mouse entrerà in modalità Editing come indicato nella parte inferiore dell Internal GUI : Nella finestra che appare è possibile selezionare atomi e frammenti comuni per la costruzione di piccole molecole organiche. È inoltre possibile modificare la carica, i tipi di legame e la 11 12 protonazione delle strutture generate.

    Cliccando sul pulsante Protein, situato in alto a sinistra, accediamo invece al menù per la costruzione di polipeptidi: Cliccando sul pulsante Next, in corrispondenza della voce Secondary Structure, selezioniamo alpha helix. Insieme al nuovo oggetto creato ala nelle voci dell Internal GUI vengono automaticamente generate due selezioni, pk1 pick1, relativa all atomo indicato con la sfera e pkmol pick molecule, relativo all intera molecola.

    È possibile visualizzare questa separazione di carica mappandone la distribuzione sulla superficie accessibile al solvente della molecola. Cliccando con il tasto centrale del mouse mantenendo premuto il tasto ctrl sulla scala e spostandosi a sinistra e a destra, è possibile variare i valori minimi e massimi della scala.

    Apriamo la finestra con le sequenze di 1BJ4 e 2A7V, premendo il tasto S in basso a destra nel pannello inferiore accanto alle azioni sui filmati.

    Oh no! Some styles failed to load. 😵

    Il menù wizard di Pymol Attraverso il menù wizard di PyMol è possibile accedere a strumenti avanzati di analisi strutturale che comprendono, per esempio, la misura di lunghezze di legame, distanze, angoli, la sovrapposizione di tre o più coppie di atomi, la mutagenesi in silico di un residuo o lo sculpting di una molecola.

    Cliccando con il tasto sinistro del mouse sulla prima voce del nuovo menù, è possibile selezionare il tipo di misura da effettuare distanze, angoli, angoli diedrici e via dicendo. Dopo aver selezionato una di queste voci, saremo guidati da PyMol nella scelta degli atomi sui quali si vuole 14 15 effettuare la misura.

    Nella figura che segue, per esempio, sono mostrate le misure di distanze, angoli e angoli diedrici: Generare filmati con Pymol Utilizzando gli script è possibile generare con PyMol filmati abbastanza complessi. Nel caso di semplici rotazioni o oscillazioni, comunque, PyMol mette a disposizione strumenti che non prevedono l utilizzo di script.

    Negli altri sistemi operativi PyMol genera una serie di immagini statiche consecutive frame , che possono poi essere assemblate in filmati grazie all utilizzo di programmi esterni per esempio ImageMagick. La molecola inizierà a ruotare rispetto all asse Y, compiendo un giro completo in 4 secondi.

    Per salvare il filmato è sufficiente selezionare la voce Save Movie Nei casi più semplici, è sufficiente incorporare uno script Python come comando di PyMol eseguibile dalla Command Input Area. Funziona sia su IExplorer che su Firefox.

    Trovate informazioni su chime su questo sito. Per ottenerlo, dovreste fare l'iscrizione gratuita su questo sito , oppure Jmol Jmol è la versione più moderna di chime il cui sviluppo è finito, credo. Si tratta di un programma Java per la visualizzazione delle molecole. Per questo è indipendente dalla piattaforma, e vi permette di visualizzare le molecole direttamente dal browser web, o da una 'virtual machine.

    Pymol Per gli utenti di Python , Pymol è la suite di molecular graphics e modeling di Python.


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